原因一：这可能是因为您在构建载体的时候插入片段是非定向的，这种情况一般在T/A克隆的时候比较常见。

原因二：如果您指定的正向测序引物距离克隆位点较近，我们通常改用距离克隆位点较远的反向引物进行测序，所以得到的测序结果与您的预期方向是不一致的，这种情况下，您只需用Chromas看图软件把图翻转过来，就可以得到正向序列。